口袋妖怪究極綠寶石4與4.B版的劇情相同，不過口袋妖怪究極綠寶石4有更多的精靈可以捕捉，劇情上也有所增加，玩家進入遊戲後創建遊戲人物，選好角色的性別與服裝，接下來玩家可分別在一周目與二周目的神獸捕捉點獲得不同的寶可夢，打開攝像頭，看到感興趣的寵物，使用精靈球擊中就能獲得寵物，玩家可以帶著寵物去探索遊戲中的不同場景。
口袋妖怪究極綠寶石4妖怪分別是洛奇亞，鳳王，巨鉗螳螂，和赫拉克羅斯。
洛奇亞，鳳王都是限時和高級狩獵能出的，赫拉克羅斯，蟲係格鬥雙屬性。
一隻平衡蟲的物攻和特防都蠻高的，而且速度比班快，先手可以先發致人。
班級拉的招牌的技能地震，地上係技能，對蟲係隻有0.5倍的傷害。
口袋妖怪究極綠寶石4山崩地裂，岩石係技能，對蟲係也隻有0.5倍傷害。
蟲王的雙屬性格鬥技能，對班級拉有著2倍屬性的傷害，班級拉弱格鬥和水。
一周目神獸捕捉地點：
機雅娜：位於卡那茲市;
潔咪：位於百花林;
胡帕：被遺棄的海船;
席多藍恩：位於火焰隊基地;
美洛耶塔：位於水靜市;
哢璞哞哞：位於狩獵區;
哢璞鰭鰭：位於狩獵區;
哢璞蝶蝶：位於狩獵區;
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